Cùng với công tác đào tạo chính quy, đào tạo theo nhiệm vụ Bộ Y tế giao, Viện cũng có nhiều dự án hợp tác đào tạo và nghiên cứu với các đối tác trong và ngoài nước. Các chương trình nghiên cứu giúp cung cấp thông tin nền tảng để triển khai các khóa đào tạo phù hợp với tình hình thực tiễn với những đòi hỏi cấp bách trong quá trình phát triển của hệ thống y tế. Cho đến nay, Viện đã hợp tác với nhiều tổ chức quốc tế, như:

1. Trung tâm Phòng ngừa và kiểm soát bệnh tật Hoa Kỳ (CDC): Tổ chức các khóa học với nhiều chủ đề về quản lý, lãnh đạo cho các cán bộ làm việc trong hệ thống phòng chống HIV/AIDS từ tuyến TƯ đến địa phương;

2. Ngân hàng Thế giới (WB): Tổ chức các khóa ngắn hạn về quản lý y tế cho các lãnh đạo đơn vị sự nghiệp y tế tuyến Trung ương, tỉnh và huyện;

3. Ngân hàng phát triển Châu Á (ADB): Đào tạo nâng cao năng lực quản lý cho cán bộ hệ thống HIV/AIDS tại 15 tỉnh trọng điểm;

4. Tổ chức hợp tác, phát triển Đức (GIZ): Tổ chức đào tạo quản lý cho lãnh đạo bệnh viện, đào tạo và tổ chức can thiệp về quản lý chất lượng bệnh viện;

5. Hội đồng Y tế Trung Hoa tại NewYork (CMB) và Tổ chức Atlantic Philantropie (AP): Phát triển chương trình đào tạo Thạc sỹ Quản lý bệnh viện.